清顺治二年（1645）清军大举南下，明督师史可法与军民固守扬州孤城，阴历四月二十五日，清兵破城而入，大肆屠杀十天。关于明将史可法的下落，当时人洪承畴就曾发问：“果死耶？抑未死耶？”此后关于史可法去向的记载、传说颇多。
有的说，史可法于城破时出城逃生。具体出逃过程又有异辞。一为缒城出走，计六奇在《明季南略》中记日：四月二十五日，清兵诈称明总兵黄蜚的援兵到，史可法令开西门放行，清兵进城，即攻击明军。史可法于城上见此状况，知无可挽回，即拔剑自刎，左右相救，遂与总兵刘肇基缒城潜去。二是跨骡出城，乾隆《江都志》载扬州故老言，城被破时，史可法“跨白骡出南门”，有人还就此赋诗：“相公誓死犹饮泣，百二十骑城头立。瞬息城摧铁骑奔，青骡一去无踪迹。”
一般认为，史可法于扬州之役被俘遇害。清代官修史籍大多如此记载，《清实录》云：“攻克扬州城，获其阁部史可法，斩于军前。”《明史》说，史可法自刎未遂，被部将拥至小东门，为清军抓获，史可法大呼：“我史督师也。”遂遇难。还有史可法嗣子史德威著《维扬殉节纪略》记述道，扬州城陷时，史可法自刎未遂，为清军捕获。多锋对史可法“相待如宾，口呼先生”，并劝降说：“为我收拾江南，当不惜重任也。”史可法答曰：“我为天朝重臣，岂肯苟且偷生，作万世罪人哉！我头可断，身不可屈……城亡与亡，我意已决，即劈尸万段，甘之如饴”于是被杀。此外，史可法于四月二十日左右写过五份遗书以及给其母亲、夫人的绝笔，其中有“一死以报国家”之语，可见他早就抱定一死之心，说他得以逃生似不可信，且其部将刘肇基在扬州城陷前已中流矢而亡，不可能与史可法一同“缒城潜去”。
有传说史可法是沉江而死。史可法出城后，骑马渡河，因马蹶落水溺死。或说他出东门遇清兵堵截，自觉无望，即赴水自尽。康熙年间孔尚任《桃花扇》，就是这样描述的。
还有说清兵破扬州时，史可法便销声匿迹，不知所终。计六奇于顺治六年（1649）外出，途中坐船遇一嘉兴人，自称是当年扬州抗清失败后逃出来的，他说城破时，史可法下落不明。